Od srpnja 2019. funkciju ravnatelja Instituta obnaša dr. sc. Vjekoslav Bratić. U Institutu je zaposlen od 2000. godine prvo kao znanstveni novak, a zatim u zvanju višeg asistenta, znanstvenog suradnika, višeg znanstvenog suradnika te naposljetku znanstvenog savjetnika. Ujedno je i naslovni redoviti profesor na Ekonomskom fakultetu Sveučilišta u Zagrebu. Autor je i koautor brojnih znanstvenih članaka iz područja ekonomike javnog sektora, lokalnih financija, proračuna i proračunskog procesa, poreznih izdataka i financiranja vjerskih zajednica. Diplomirao je i magistrirao na Ekonomskom fakultetu Sveučilišta u Zagrebu, a doktorirao 2007. na Fakultetu političkih znanosti Sveučilišta u Zagrebu te 2010. na Ekonomskom fakultetu Sveučilišta u Splitu.
Ravnatelj je odgovoran za zakonitost rada, organizaciju i poslovanje Instituta te obavlja i druge poslove utvrđene Statutom Instituta, a imenuje ga i razrješuje Upravno vijeće na temelju provedenog javnog natječaja.
Funkciju pomoćnika ravnatelja od 1. lipnja 2025. obnaša dr. sc. Branko Stanić.